fbpx

Genetska testiranja

Genetska testiranja za kardiovaskularne bolesti

Kardiovaskularne bolesti su jedan od vodećih uzroka smrti u svetu i obuhvataju veliki broj stanja, od miokardijalne infarkcije do kongenitalnih bolesti srca i većina od tih stanja su nasledna. Cilj biomedicinkih istraživanja je svakako identifikacija specifičnih gena i njihovih varijanti sa određenim kardiovaskularnim oboljenjem. Razumevanje genetike iza nastanka i razvitka kardiovaskularnih bolesti je kritični korak u prevenciji i menadžmentu spomenutih bolesti.

Veliki broj kardiovaskularnih bolesti je rezultat mutacije u jednom ili par gena, kao naprimer: Brugada sy., porodična dilatirana kardiomiopatija, hipertrofična kardiomiopatija, sindrom dugog QT intervala itd.

Kardiovaskularne bolesti

Gen

Oboljenje

SCN5A Brugada sy., Romano-Ward sy., porodična atrijalna fibrilacija, porodična dilatirana kardiomiopatija itd.
ABCC9 Cantu sy., porodična dilatirana kardiomiopatija i porodična atrijalna fibrilacija
CACNA1C Timothy sy., Brugada sy.

CACNA2D1

Brugada sy., maligna hipertermija

CACNB2

Brugada sy.
GPD1L Brugada sy.
HCN4 Brugada sy., leva ventrikularna nekompakcija
KCND3 Brugada sy., spinocerebralna ataksija
KCNE5 Brugada sy., Alport sy.
KCNJ8 Brugada sy., J wave sy.
RANGRF Brugada sy.
SCN1B Brugada sy., porodična atrijalna fibrilacija, porodični srčani blok
SCN2B Brugada sy., porodična atrijalna fibrilacija
SCN3B Brugada sy., porodična atrijalna fibrilacija
SCN5A Brugada sy., porodična atrijalna fibrilacija, porodični srčani blok, Romano-Ward sy., porodična dilatirana kardiomiopatija
SLMAP Brugada sy.
TRPM4 Porodični srčani blok, Brugada sy.
ACTN2 Porodična dilatirana kardiomiopatija, porodična hipertrofična kardiomiopatija
ACTC1 Porodična dilatirana kardiomiopatija, porodična hipertrofična kardiomiopatija, porodična restriktivna kardiomiopatija
AKAP7 Romano-Ward sy.
BAG3 Porodična dilatirana kardiomiopatija, miofibrilarna miopatija, Charcot-Marie-Tooth bolest
CALR3 Porodična hipertrofična kardiomiopatija
TBX5 Holt-Oram sy.
CASQ2 Polimorfna ventrikularna tahikardija
CAV3 CAV3-vezana distalna miopatija, Romano-Ward sy.
PES Dilatirana kardiomiopatija
KCNH2 Romano-Ward sy., sindrom kratkog QT intervala, porodična atrijalna fibrilacija
KSNQ2 Benigni porodični neonatalni napadi
KCNQ1 Porodična atrijalna fibrilacija, Jarvell i Lange-Nielsen sy, Romano-Ward sy., sindrom kratkog QT intervala
LAMP2 Danon bolest (kardiomiopatija)
LDB3 Miofibrilarna miopatija, porodična dilatirana kardiomiopatija, leva ventrikularna nekompakcija
MYBPC3 Porodična hipertrofična kardiomiopatija, porodična dilatirana kardiomiopatija, leva ventrikularna nekompakcija
MYH6 Porodična dilatirana kardiomiopatija
MYH7 Porodična hipertrofična kardiomiopatija, leva ventrikularna nekompakcija, porodična dilatirana kardiomiopatija, porodična restriktivna kardiomiopatija
MYL2 Porodična hipertrofična kardiomiopatija
MYL3 Porodična hipertrofična kardiomiopatija
MYLK Porodična torakalna aortna aneurizma
RYR1 Maligna hipertermija, centronuklearna miopatija
RYR2 Polimorfna ventrikularna tahikardija, kardiomiopatija desnog ventrikula, porodična atrijalna fibrilacija
SCN4B Romano-Ward sy., porodična atrijalna fibrilacija
SGCD Porodična dilatirana kardiomiopatija
SNTA1 Romano-Ward sy., sindrom dugog QT intervala
STARD3 Porodična dilatirana kardiomiopatija
TAZ Barth sy., porodična dilatirana kardiomiopatija
TMEM43 Kardiomiopatija desnog ventrikula
TNNC1 Porodična dilatirana kardiomiopatija, porodična hipertrofična kardiomiopatija

Genetska testiranja za kancer

Kancer je naziv za skup oboljenja koju karakteriše abnormalan rast ćelija koji je posledica abnormalne genske ekspresije, pa ćelije imaju mogućnost proširivanja u okolna tkiva i ako se bolest ne leči dovodi do smrti organizma. U svetu je trenutno oko 90.5 miliona obolelih od kancera, a smrtnost od različitih vrsta kancera je druga najveća u svetu i iznosi 9.6 miliona ljudi. Uzrok nastanka kancera je dvojak: okolni faktori i genetika.

Na koji način genetika utiče na nastanak kancera?

Genetska mutacija šalje sledeće instrukcije zdravim ćelijama:

  • Bržeg rasta: genetska mutacija daje instrukcije ćelijama da brže rastu i na ovaj način dolazi do kreiranja mnogo novih ćelija sa istom mutacijom.
  • Nekontrolisanog deljenja: kancerogene ćelije se, za razliku od normalnih ćelija, ne prestaju deliti. Dele se uprkos mutacijama, bez odgovarajućih eksternih signala i na taj način dolazi do kancerogenih formacija.
  • Metastaziranja: kancerogene ćelije mogu ući u normalno okolno tkivo kroz limfne čvorove ili krvne žile i na toj novoj lokaciji formirati tumor i nastaviti sa rastom.

Ćelije kancera

Šta uzrokuje genetske mutacije:

Postoje dva osnovna tipa mutacija, a to su:

  1. nasleđene – odgovorne su za 5-20 % svih tumora i prenose se direktno sa roditelja na potomstvo. Takav tip mutacije se nalazi u svakoj ćeliji tela i prenosi se generacijski. Kancer uzrokovan nasleđenim mutacijama se označava kao nasledni tip kancera.
  2. somatske

Svaki dan dolazimo do novih informacija koje se tiču nastanka, rane detekcije, redukcije rizika, korišćenja ciljane terapije i preživljavanja pacijenta. Dalje proučavanje genetike kancera može pomoći lekarima u pronalasku načina za predikciju rizika pacijenta za nastanak kancera.

Gen

Oboljenje

PRF1 Leukemije i limfomi
CDK4 Maligni melanom
CDKN1B Multiple endokrine neoplazije

FH

Nasljedna leiomiomatoza i kancer bubrežnih ćelija, primarna macronodularna adrenalna hiperplazija

SMARCB1

Coffin-Siris sy., Schwannomatoza, predispozicijski sindrom za rabdoidne tumore
SUFU Meduloblastom, Gorlin sy., Joubert Sy. 32, meningeom
NBN Nijmegen breakage sy., rak dojke, rak jajnika, rak prostate, melanom i leukemija
WT1 Denys-Drash sy., Frasier sy., kongenitalni nefrotički sy., akutna mijeloidna leukemija, rak prostate, WAGR sy., Wilmsov tumor, rak pluća, rak dojke i jajnika
CACNA1D PASNA, autizam
KDR Kapilarni hemangiom
TP53 Rak dojke, rak mokraćnog mjehura, rak pluća, rak jajnika, Li-Fraumeni sy., kolorektalni kancer, rak mozga itd
NTRK1 Kongenitalna nesenzitivnost na bol sa anhidrozom, rak štitne žlezde
MLH3 Endometrijalni karcinom, Lynch sy.,
PTEN Bannayan-Riley-Ruvalcaba sy., Cowden sy., rak dojke, spektar autističnih poremećaja, rak pluća, rak prostate
PDGFRB Familijalna idiopatska kalcifikacija bazalnih ganglija (FIBGC), PDGFRB asocirana hronična eozinofilična leukemija
KLLN Cowden sy.,
STK11 Peutz-Jeghers sy., rak dojke, rak pluća, rak jajnika, kolorektalni karcinom, melanom itd
MYH8 Hecht sy., Carney complex (sindrom višestrukih neoplazija)
MEN1 Porodični hiperparatiroidizam, multiple endokrine neoplazije, primarna makronodularna adrenalna hiperplazija, tumori štitne žlijezde, tumori pankreasa
ELAC2 Rak prostate, deficijencija mitohondrijalnog kompleksa
CDKN2A Karcinom skvamoznih ćelija glave i vrata, rak pluća, melanom, rak pankreasa, rak dojke
RECQL4 Baller-Gerold sy., Rapadilino sy., Tothmund- Thomson sy.
MET Gubitak sluha bez drugih simptoma, rak pluća, hepatocelularni karcinom, karcinom bubrežnih ćelija, osteofibrous dysplasia, gluhoća
SDHB Paragangliom, Cowden sy., gastrointestinalni tumor, karcinom bubrežnih ćelija, Carney-Stratakis sy.
MTAP Diafizealna medularna stenoza sa malignim fibroznim histiocitama (DMSMFH)
MAX PCC (Pheochromocytoma)
RNASEL Rak prostate
FANCI Fankonijeva anemija, traheoesofagealna fistula
NF2 Neurofibromatoza tipa 2, Schwannomatoza
TSC2 lymphangioleiomyomatosis (LAM), tuberous sclerosis complex
FANCF Fankonijeva anemija
FLCN Birt-Hogg-Dube sy., primarni spontani pneumotoraks
ERCC4 Xeroderma pigmentosum, Fanconi anemija
PRKAR1A Carney kompleks
EXT2 Nasledni multipli osteohondromi, Potocki – Shaffer sy.
AKT1 Proteus sy., rak jajnika, rak dojke i kolorektalni karcinomi HOXB13 Rak prostate
ANTXR1 Odontotrichomelic sy., hemangiom, GAPO sy.
BMPR1A Juvenilni polipozni sy.
NCOA4 Papilarni tireoidni karcinom
FANCC Fankonijeva anemija
BARD1 Neuroblastom, rak jajnika, rak dojke
TSC1 lymphangioleiomyomatosis, Tuberous sclerosis complex, rak mokraćnog mjehura, fokalna kortikalna displazija
TMEM127 Paragangliom
RET Hirschsprungova bolest, multiple endokrine neoplazije, paragangliom, rak pluća
XPC Xeroderma pigmentosum
MRE11A Rak jajnika i dojke, Ataxia telangiectasia poremećaj
RUNX1 Akutna mijeloidna leukemija, citogenetički normalna akutna mijeloidna leukemija, reumatoidni artritis, akutna limfoblasticna leukemija
PALB2 Fankonijeva anemija, rak jajnika, rak dojke, rak pankreasa
PPM1D Porodični rak dojke, rak jajnika, poremećaj u razvoju intelekta sa gastrointestinalnim poteškoćama
CDC73 Porodični hiperparatiroidizam, tumor vilice, paratiroidni tumor
SPRED1 Legius sy.
RAD51C Fankonijeva anemija, rak jajnika, rak dojke
SDHA Paragangliom, gastrointestinalni stromalni tumoc, Leigh sy.
VHL Porodična eritrocitoza, Von Hippel-Lindau sy., paragangliom, rak bubrega
WRN Werner sy., rak prostate
BAP1 BAP1 predispozirajući tumor, cholangiocarcinoma, melanom
EGFR Rak pluća
EPCAM Lynch sy., congenitalna enteropatija
DICER1 DICER1 sy.
CBL Juvenilna mijelomonocitna leukemija, Noonan sy.
SDHAF2 Nasledni paragangliom
AXIN2 Karcinom kolona, Oligodontia-sy. kolorektalnog karcinoma
ALK Neuroblastom, rak pluća
POLD1 Mandibularna hipoplazija, kolorektalni karcinom
MSH6 Lynch sy., rak jajnika
ATM Ataxia telangiectasia, rak dojke, rak mokraćnog mjehura, rak pluća i rak jajnika
POLE Susceptibilnost za kolorektalni karcinom, facijalni dismorfizam, imunodeficijencija
FANCM Fankonijeva anemija
PTCH1 Gorlin sy., nesindromska holoprosencefalija, 9q22.3 mikrodelecija
ATR Seckel sy. 1, kutana telangiectasia i kancer sindrom, porodični (FCTCS)
BRCA1 Rak dojke, rak jajnika, rak prostate, rak pankreasa, rak kolona
NF1 Neurofibromatoza tip 1., rak pluća
BRCA2 Rak dojke, rak jajnika, rak prostate, Fankonijeva anemija, rak pankreasa, melanom
RAD50 Rak jajnika, sindrom policističnih jajnika
ERCC2 Trihotiodistrofija, Xeroderma pigmentosum, Cockayne sy.
FANCE Fankonijeva anemija
MLH1 Lynch sy., rak jajnika
MSH2 Lynch sy., rak jajnika
PMS2 Lynch sy., rak jajnika
PALLD Rak pankreasa
FANCD2 Fankonijeva anemija
MSR1 Rak prostate
SDHC Nasljedni paragangliom, gastrointestinalni stromalni tumor
TGFBR1 Loeys-Dietz sy., familijarna torakalna aortska aneurizma i disekcija, rak prostate
SDHD Nasljedni paragangliom, gastrointestinalni stromalni tumor, Cowden sy.
CDH1 Blepharocheilodontic sy., rak dojke, nasljedni gastrični rak, rak jajnika, rak prostate
FANCL Fankonijeva anemija
GATA2 Myelpdysplastic sy-. deficijencija dendričnih ćelija, monocita, B limfocita, lymphedema
PAX5 Akutna limfoblastična leukemija

Genetska testiranja za epilepsiju

Epilepsija je grupa dugotrajnih neuroloških poremećaja koje karakterišu epileptični napadi. Ti napadi su epizode koje mogu varirati od kraćih i skoro neprimetnih do dugih perioda snažnog trzanja. Kod epilepsije, napadi se obično ponavljaju, i nemaju neposredan osnovni uzrok dok se napadi koji se javljaju zbog posebnog uzroka ne smatraju da predstavljaju epilepsiju.

Epilepsija

Gen

Oboljenje

SCN1A Genetska epilepsija sa febrilnim napadima, Dravet sy.
SCN9A Genetska epilepsija sa febrilnim napadima
SCN1B Epileptična encefalopatija u ranom djetinstvu, genetska epilepsija sa febrilnim napadima
GABRD  Generalizirana epilepsija sa febrilnim napadima + 5, juvenilna mioklonična epilepsija, idiopatska generalizirana epilepsija 10
GABRG2 Epilepsija u djetinstvu, porodični febrilni napadi 8
PCDH19  Sporadična infantična epileptična encefalopatija, epilepsija ograničena na žene (EFMR)
GABRG2 Epilepsija u djetinstvu, porodični febrilni napadi 8

 

Genetska testiranja za mišićne distrofije

Mišićne distrofije su primarna, nasledna oboljenja mišića degenerativne prirode. Najčešće počinju u mlađem životnom dobu i razvijaju se godinama da bi posle kraće ili duže evolucije učinile bolesnika ozbiljno hendikepiranim i zavisnim od okoline. Imaju znatno skraćen životni vek i umiru od komplikacija.

Gen

Oboljenje

DMD Duchhene mišićna distrofija, Becker mišićna distrofija
CAPN3 Limb-girdle mišićna distrofija
EMD Emery-Direifuss mišićna distrofija
LMNA Emery-Direifuss mišićna distrofija, limb-girdle mišićna distrofija, LMNA-povezana kongenitalna mišićna distrofija

 

Podela

Klasifikacija je načinjena na osnovu više kriterijuma od kojih su najvažniji topografija zahvaćenosti muskulature, vreme početka, način nasleđivanja, prisustvo pseudohipertrofija, brzina evolucije. Posebno se izdvajaju Dišenova i Bekerova distrofija pod nazivom distrofinopatije, jer pored kliničke slike uslov za dijagnozu je nalaz mutacije gena za distrofin ili nalaz smanjene količine i molekulske težine distrofina-produkta ovog mutirnog gena u uzorku biopsije mišrća. Ostale mišićne distrofije su: facioskapulohumeralna mišićna distrofija, skapulohumeralna i pelvifemoralna distrofija, progresivmna oftalmoplegija, okulofaringealna distrofija, distalne miopatije, Kongenitalna mišićna distrofija i dr.
Mišićna distrofija bicepsa

 

Genetska testiranja za dijabetes

Dijabetes je stanje hronične hiperglikemije (povišen nivo šećera u krvi) koje dovodi do nastanka hroničnih komplikacija na multiplim organskim sistemima, čime se značajno smanjuje kvalitet života, kao i životni vek bolesnika.

Hronične komplikacije se dele na vaskularne i nevaskularne. Vaskularne komplikacije se dalje dele na mikrovaskularne (retinopatija, nefropatija, neuropatija) i makrovaskularne (bolest koronarnih arterija, periferna vaskularna bolest, cerebrovaskularna bolest). Rizik od hroničnih komplikacija se povećava u funkciji trajanja hiperglikemije, one obično postaju vidljive u drugoj deceniji trajanja bolesti.

Više od 90% obolelih ima tip 2 dijabetesa. Najveći broj osoba sa tipom 2 dijabetesa je uzrasta između 40 i 59 godina starosti, mada se u poslednje vreme sve češće viđa i kod mlađih ljudi. Tip 2 šećerne bolesti ima strogo genetsku predispoziciju i pod snažnim je uticajem faktora spoljašnje sredine.

Dijabetes

 

Analiza

Opis analize

Sekvenciranje i analiza HNF1A gena Sangerovo sekvenciranje 10 egzona
Sekvenciranje i analiza HNF1B gena Sangerovo sekvenciranje 9 egzona
Sekvenciranje i analiza HNF4A gena Sangerovo sekvenciranje 11 egzona
Sekvenciranje i analiza GCK gena Sangerovo sekvenciranje 12 egzona

Genetska onkološka testiranja

Onkološki panel za molekularnu analizu BRCA 1/2 gena

Next Generation Sequencing panel za detekciju somatskih mutacija na tkivu pacijenta. Panel pokriva kompletne BRCA1 i BRCA2 gene
Prediktivni panel za molekularnu analizu BRCA 1/2 gena Next Generation Sequencing panel za detekciju nasljednih mutacija koje dovode do karcinoma dojke i jajnika. Panel pokriva kompletne BRCA1 i BRCA2 gene
Molekularna analiza 8 hotspot BRCA 1/2 mutacija RT-PCR visoke senzitivnosti
Panel za solidne tumore  (22 gena) Next Generation Sequencing panel za detekciju somatskih mutacija u tkivu pacijenata oboljelih od karcinoma pluća i debelog crijeva. Panel obuhvata 22 gena uključena u tumorsku genezu, predikciju i terapiju
Molekularna analiza KRAS gena (G12/G13) (tkivo) Detekcija rijetkih mutacija pomoću droplet digital PCR-a (ddPCR). Prag detekcije mutacija je 0,01%
Molekularna analiza KRAS gena (G12/G13) (tečna biopsija) Detekcija rijetkih mutacija pomoću droplet digital PCR-a (ddPCR). Prag detekcije mutacija je 0,01%
Molekularna analiza BRAF gena (V600E) (tkivo) Detekcija rijetkih mutacija pomoću droplet digital PCR-a (ddPCR). Prag detekcije mutacija je 0,01%
Molekularna analiza BRAF gena (V600E) (tečna biopsija) Detekcija rijetkih mutacija pomoću droplet digital PCR-a (ddPCR). Prag detekcije mutacija je 0,01%
Molekularna analiza NRAS gena (G12/13) (tkivo) Detekcija rijetkih mutacija pomoću droplet digital PCR-a (ddPCR). Prag detekcije mutacija je 0,01%
Molekularna analiza NRAS gena (G12/13) (tečna biopsija) Detekcija rijetkih mutacija pomoću droplet digital PCR-a (ddPCR). Prag detekcije mutacija je 0,01%
Molekularna analiza NRAS gena (Q61) (tkivo) Detekcija rijetkih mutacija pomoću droplet digital PCR-a (ddPCR). Prag detekcije mutacija je 0,01%
Molekularna analiza NRAS gena (Q61) (tečna biopsija) Detekcija rijetkih mutacija pomoću droplet digital PCR-a (ddPCR). Prag detekcije mutacija je 0,01%
Molekularna analiza EGFR gena (L858R mutacija iz uzorka tkiva) Detekcija rijetkih mutacija pomoću droplet digital PCR-a (ddPCR). Prag detekcije mutacija je 0,01%
Molekularna analiza EGFR gena (L858R mutacija iz uzorka tečne biopsije) Detekcija rijetkih mutacija pomoću droplet digital PCR-a (ddPCR). Prag detekcije mutacija je 0,01%
Molekularna analiza EGFR gena (L861Q mutacija iz uzorka tkiva) Detekcija rijetkih mutacija pomoću droplet digital PCR-a (ddPCR). Prag detekcije mutacija je 0,01%
Molekularna analiza EGFR gena (L861Q mutacija iz uzorka tečne biopsije) Detekcija rijetkih mutacija pomoću droplet digital PCR-a (ddPCR). Prag detekcije mutacija je 0,01%
Molekularna analiza EGFR gena (T790M mutacija iz uzorka tkiva) Detekcija rijetkih mutacija pomoću droplet digital PCR-a (ddPCR). Prag detekcije mutacija je 0,01%
Molekularna analiza EGFR gena (T790M mutacija iz uzorka tečne biopsije) Detekcija rijetkih mutacija pomoću droplet digital PCR-a (ddPCR). Prag detekcije mutacija je 0,01%
Molekularna analiza EGFR gena (del19 mutacija iz uzorka tkiva) Detekcija rijetkih mutacija pomoću droplet digital PCR-a (ddPCR). Prag detekcije mutacija je 0,01%
Molekularna analiza EGFR gena (del19 mutacija iz uzorka tečne biopsije) Detekcija rijetkih mutacija pomoću droplet digital PCR-a (ddPCR). Prag detekcije mutacija je 0,01%
Mikrosatelitska nestabilnost Fragmentalna analiza na 8 različitih biomarkera uporednom analizom brisa bukalne sluznice pacijenta i tkiva na SeqStudio sekvenceru
IL17A (karcinom želudca) RT-PCR visoke senzitivnosti
Sekvenciranje i analiza C-KIT-a Sangerovo sekvenciranje egzona 8, 9, 11, 13 i 17
Sekvenciranje i analiza PIK3CA Sangerovo sekvenciranje
EndoPredict EndoPredict pruža informacije za personalizirano planiranje liječenja za pacijente oboljele od karcinoma dojke. Metoda je bazirana na analizi tumorskih gena u kombinaciji sa prognostičkim faktorima kao što su nodalni status i veličina tumora
Panel za nasledni karcinom Next Generation Sequencing panel za detekciju naslednih mutacija koje dovode do nastanka različitih tipova karcinoma. Sekvenciranje preko 100 gena
RET i MEN Next Generation Sequencing panel za sekvenciranje kompletnih RET i MEN gena odgovorne za multiple endokrine neoplazije, porodični hiperparatiroidizam, primarnu adrenalnu hiperplaziju itd
PIK3CA, TP53 i PTEN Next Generation Sequencing panel za sekvenciranje kompletnih PIK3CA, TP53 i PTEN gena
Premetilacijski test Analiza mutacijskih promjena tkiva cerviksa. Negativan rezultat garantuje odsutstvo bolesti najmanje godinu dana.
Panel za metabolizam folata Real time PCR visoke senzitivnosti. Detekcija MTHFR 677 C>T; MTHFR 1298 A>C; MTRR 66 A>G; MTHFR 677 C>T; MTHFR 1298 A>C; MTR 2756 A>G; MTRR 66 A>G; MTR 2756 A>G
Panel za detekciju SNP-ova odgovornih za hipertenziju, fibrinolizu, infarkt miokarda, moždani udar i metaboličke poremećaje Real time PCR visoke senzitivnosti. MTHFR, F7, ITGB3, FGB, PAI, MTRR, MTR, ITGA2, GPIBA, F13A1, F12, FTO, CYP3A5, NOS3, SELPLG, CYP2C9, VKORC1, PPARG2, ADRB2, ADRB3, FABP2, IL28B, SLCO1B1, AGT, AGTR1, ApoE, LPL, IL17A i COMT
Kardiovaskularni panel NGS panel koji obuhvata 78 gena povezanih sa nastankom Brugada sy., Romano-Ward sy., porodične hipertrofične kardiomiopatije itd.
Odgovor pacijenta na varfarin Real-time PCR visoke senzitivnosti: CYP2C9*2 i CYP2C9*3
Odgovor pacijenta na statine Real-time PCR visoke senzitivnosti: SLCO1B1
Odgovor pacijenta na clopidogrel Real-time PCR visoke senzitivnosti: CYP2C19*2 i CYP2C19*3
Panel za metabolizam lekova MLPA analiza CYP2D6, CYP2C9, CYP2C19, CYP1B1, CYP3A4, CYP3A5, CYP2E1, CYP1A1, CYP1A2, CYP2A6, CYP2B6, GSTP1, GSTT1 i GSTM1 gena

Genetska testiranja za upalne bolesti

Analiza

Opis analize

Molekularna detekcija HLA B27 Real-time PCR detekcija humanog leukocitnog antigena B27 asociranog sa ankiloznim spondilitisom, psorijazom, Reiter sy. itd.
Celijakija Fragmentalna analiza HLA DQ2.5 i HLA DQ8 genotipova
Molekularna detekcija TNF Real-time PCR detekcija faktora nekroze tumora asociranog sa juvenilnim idiopatskim artritisom, alopecijom, narkolepsijom itd.
Laktazna perzistencija Sekvenciona reakcija i analiza 4 SNPa (rs41525747, rs41380347, rs145946881 i rs4988235)
Helicobacter pylori Real-time PCR visoke senzitivnosti za detekciju Helicobacter pylori iz uzoraka fecesa/sputuma

Prenatalna dijagnostika i gubitak trudnoće

Prenatalna dijagnostika predstavlja skup metoda kojima se otkrivaju različiti genetički poremećaji kod embriona ili fetusa pre rođenja, sa ciljem prevencije rađanja dece sa teškim oboljenjima. Ona je danas veoma važna, kako za trudnicu tako i za lekara jer daje genetičke, anatomske i fiziološke informacije o fetusu. Razvoj metoda prenatalne dijagnostike omogućio je da se ove analize izvode u ranim nedeljama trudnoće, kao i da budu što manje invazivne i time smanje rizik za nastanak komplikacija, kako kod ploda, tako i kod trudnice.

Prenatalna dijagnostika i gubitak trudnoće

 

Analiza

Opis analize

QF-PCR – analiza amnionske tečnosti Fragmentalna analiza- trisomije 13, 18, 21, XY hromosoma. Analiza elektroferograma na SeqStudio Genetic Analyzeru
NIPD – neinvazivna prenatalna dijagnostika Neinvazivna prenatalna dijagnostika- potreban je uzorak majčine krvi, a instrumentalna analiza je sekvenciranje slijedeće generacije (NGS)
Molekularna analiza SYCP3 gena Sekvenciranje i analiza do 9 egzona SYCP3 gena koji je odgovoran za ponavljajuće gubitke trudnoće
Molekularna analiza FOX D1 gena Sekvenciranje i analiza regija FOX D1 gena
Molekularna analiza trombofilije Sekvenciranje šest riziko faktora: MTHFR C677T, MTHFR A1298C, PAI1, Faktor XIII, Faktor V i Faktor II
Molekularna analiza mikrodelecija Y hromosoma Fragmentalna analiza AZFa, AZFb i AZFc regiona
Panel za istraživanje neplodnosti kod žena Real-time PCR metoda detekcije mutacija na 84 gena uključena u implantaciju embrija i ženske neplodnosti
Molekularna analiza neplodnosti kod muškaraca Real-time PCR test za simultanu analizu 84 gena asocirana sa muškom neplodnošću
PGD Preimplantacijska genetska dijagnostika

 

Genetska testiranja za neplodnost kod žena

Test za neplodnost kod žena prati ekspresiju 84 ključna gena uključena u endometrijalne promene u ranoj trudnoći. Tokom svakog menstrualnog ciklusa sloj endometrija materice se priprema za trudnoću dok jedan jajnik otpušta zrelu oocitu. Ako se oocita oplodi, počeće da se deli dok putuje kroz jajovod u matericu. Endometrijum prolazi značajne promene u genskoj ekspresiji neophodne za uspešnu implantaciju embrija. Ove promene uključuju signalne puteve kao što su interleukin-1, WNT i prostaglandini, kao i biološke procese kao što su apop-toza i regulacija ćelijskog ciklusa. Endometrijum prima embrio samo 3-5 dana po menstrualnom ciklusu i to se označava kao prozor implantacije.

Veliki broj parova pati od neplodnosti iako danas postoje reproduktivne tehnologije koje potpomažu nastanak vijabilne trudnoće. Iako ove tehnologije, kao što je in vitro fertilizacija (IVF) mogu identifikovati “najpogodnije” embrije, više od polovine IVF embrija se ne uspe implantirati. Studije su identifikovale promeene u genskoj ekspresiji tokom prozora implantacije. Koristeći real-time PCR može se jednostavno i pouzdano analizirati ekspresija gena u panelu koji su uključeni u embrionsku implantaciju i neplodnost kod žena.

Stadijum

Geni

Disregulacija tokom neplodnosti CFD, CLDN4, COMP, CRABP2, DKK1, ESR2 (ERβ), GADD45A, GAST, GDF15 (PLAB), GPX3, IGFBP1, IL15, MAOA, MSX1, OLFM1, PAEP, SFRP4, SPP1
Receptivnost endometrija AREG, CALCA, CSF1 (MCSF), EGF, HOXA10, HOXA11, LEP (leptin), LIF, LIFR, MUC1 (mucin), PAEP, PGR, PTGS1 (COX1), PTGS2 (COX2), SELL (LECAM-1)
Signalna transdukcija IL1A, IL1B, IL1R1, CDH1 (E-Cadherin), CTNNB1, DKK1, MMP7, PTGS2 (COX2), SFRP4, TP53 (p53), WNT2, PTGS1 (COX1), PTGS2 (COX2), AKT1, EGF, EGFR (ERBB1), GDF15 (PLAB), STAT3, TGFB1
Migracija leukocita CALCA, CCL5 (RANTES), CLDN4, CTNNB1, CXCL12 (SDF1), FBN1, FN1, ICAM1, ITGA4 (CD49D), ITGAV, ITGB3, LAMC2, MMP2, MMP7, MMP9, SELL (LECAM-1), SPP1, VCAM1
Ćelijski ciklus CCNB1, GADD45A, MKI67, PCNA, STMN1, TGFB1, TP53 (p53)
Koagulacija C2, C3, CD55, CFD, F3
Apoptoza BAX, BCL2, CASP3, COMP, GADD45A, IL1B, MSX1, TNF, TNFRSF10B (DR5), TP53 (p53)
Citokini CCL5 (RANTES), CSF1 (MCSF), CXCL12 (SDF1), IL11, IL15, IL1A, IL1B, IL1R1, IL6, LIFR, TGFB1
Ostali geni ANXA2, APOD, AR, ESR1 (ERα), HBEGF (DTR), IGF1, KDR (VEGFR3), MID1, PGF, PRL, SOD1, TIMP1, VEGFA

 

Genetska testiranja za neplodnost kod muškaraca

Test za neplodnost kod muškaraca prati ekspresiju 84 ključna gena čija je ekspresija uočena u spermatogenezi. Tokom spermatogeneze, primarna ćelija prolazi kroz mejozu, deli se i formira zreo spermatozoid. Svaki spermatozoid sadrži iRNK transkripte koje su različiti kod plodnih i neplodnih muškaraca, te nam ovaj test omogućava praćenje ekspresije tih gena u jednoj reakciji. Test sadrži kontrolu koja osigurava tačnost i efikasnost PCR reakcije.

Stadijum

Geni

Spermatogeneza ACSBG2, ADCY10, AKAP14, APOB, BOLL, BRD2, CATSPER1, CATSPER4, CCNB1, CREM, CRISP2, DAZL, DDX25, FAS (TNFRSF6), GPR64, HSF2, KLHL10, LHCGR, LMNA, ODF1, PCSK4, PIWIL1, PRM1, PRM2, SERPINA5, SLC26A8, SOD1, SPO11, SPZ1, SRPK1, SYCP3, TBP, TCP11, TNP1, TPD52L3, TSGA10
Oplodnja AKAP4, APOB, CD46, CRISP1, ELSPBP1, KLHL10, PARK7, PCSK4, PLCZ1, SERPINA5, TNP1, TRIM36, ZP3
Diferencija muškog pola AMH, AR, CYP19A1, DMRT1, KLHL10, LHCGR, PDZD8
Pokretljivost ćelija AKAP4, CATSPER1, CUL3, DDX4, GLI3, GPX1, IL16, LAMA5, LEP (leptin), LMNA, TNP1, ZP3
Ćelijski ciklus Mejoza: BOLL, FBXO5, SLC26A8, SPO11, STAG3, TEX11, WAPAL

 

Mitoza: CCNB1, CUL3, FBXO5, MCM8, SLC25A5, WAPAL

Odgovor na stres AHR, APOB, CARHSP1, CCNB1, CD46, CDO1, CREB1, CYP19A1, DNAJB8, DNAJC28, EIF2B4, FAS (TNFRSF6), FOS, GPX1, HDAC1, HMOX1, HSF2, HSPA4L (Osp94), LEP (leptin), LMNA, PARK7, SOD1, SOD2, SRPK1, TNP1, UCHL1, ZP3
Enzimi za modifikaciju hromatina BRDT, CCNB1, HDAC1, MLLT3, SMARCA2, SYCP3, TNP1
Ostali geni EIF4G3, HSD17B7, NDUFS7, NPC2, PGK2, SRPK1, UBAP2

Genetska testiranja za očinstvo

Analiza

Opis analize

STR profiliranje na 16 autosomalnih lokusa Fragmentalna analiza 16 autosomalnih STR lokusa
STR profiliranje na 16 Y lokusa Fragmentalna analiza 16 Y STR lokusa

Genetska testiranja za dijagnozu naslednih bolesti

U nekim slučajevima, za prenošenje bolesti sa roditelja na dete potrebno je da određeni gen oba roditelja, dok je za neke bolesti dovoljno da se nađe u genetskom kodu jednog roditelja. U slučaju kada do bolesti dođe zbog nasleđivanja gena od oba roditelja, govori se o naslednoj bolesti kao što su hemofilija, distrofija mišića, daltonizam itd.

Nasledne bolesti

 

Analiza

Opis analize

Epilepsija i druge krize svesti NGS panel koji uključuje gene asocirane sa juvenilnom miokloničnom epilepsijom, genetskom epilepsijom sa febrilnim napadima, nasljednom senzornom neuropatijom, itd
Cistična fibroza Sekvenciranje CFTR gena (27 egzona) uključujući deltaF508 i G542X hotspot mutacije
Urođene greške metabolizma NGS panel sastoji se 570 gena asociranih sa nastankom metaboličkih poremećaja kao npr.: Canavanova bolest, Mabry sy., Zellweger sy., Charcot-Marie-Tooths bolest, Porphiria, Antley Bixler sy., itd.
Mišićne distrofije NGS panel koji sadrži gene asocirane sa nastankom Ducheneove mišićne distrofije, Beckerove mišićne distrofije, Limb-Girdle mišićne distrofije i Emery-Dreifuss mišićne distrofije
Kongenitalni poremećaji aorte i krvnih žila mozga NGS panel koji sadrži gene asocirane sa nastankom biskupidne disekcije aorte, nasljedne aneurizme i disekcija torakalne aorte, Marfan sy, cerebralni kavernom itd.
Autizam NGS panel koji obuhvata 81 gen asociran sa nastankom autizma
Beta Talasemija Fragmentalna analiza HBB gena odgovornog za nastanak beta talasemije. Test uključuje 26 različitih mutacija na HBB genu
Familijarna mediteranska groznica Fragmentalna analiza MEFV gena (egzon 2, 3, 5 i 10) na 18 različitih mutacija
Fragilni X sindrom Fragmentalna analiza FRAXA gena
Wilsonova bolest Sekvenciranje regije ATP7B gena (visoko rizična His1069Gln mutacije)
Friedreich’s ataxia Sekvenciranje regije FXN gena i detekcija trinukleotidnih ponavljanja
Gilbert sy. Sekvenciranje regije UGT1A1 gena